Tantangan utama konservasi mencakup kompleksitas masalah tumpang tindih lahan antara kawasan taman nasional serta wilayah adat. Masyarakat adat mengajukan usulan pengurangan luas karena merasa terhambat dalam memanfaatkan tanah tradisionalnya secara terbatas. Proses penataan batas kawasan yang partisipatif dan berlarut-larut berpotensi menurunkan kepercayaan masyarakat kepada pemerintah.

Selain itu, luasnya kawasan mencapai 1,27 juta hektare menjadi tantangan besar dalam hal pengawasan rutin dan efektif. Keterbatasan jumlah personil petugas di lapangan seringkali membuat kawasan ini rentan terhadap ancaman kegiatan pembalakan liar. Oleh karena itu, kolaborasi erat dengan masyarakat setempat adalah kunci keberhasilan konservasi jangka panjang.